По первым двум пунктам подробно не отвечу, так как считаю их исключительно субъективными.
Единственное по лого скажу, что для нового дизайна был отдельный новый лого в белом цвете, но оставили близкий к старому (но минимизированный под новый дизайн), специально, чтобы обеспечить преемственность. Сожалею, если эти усилия сохранить старый лого прошли в итоге даром.
Сам переход от старого к новому выглядит вот так:

Я не нахожу ничего ужасного в этом переходе. Напротив, он полностью соответствует новой стилистике и вписывается в новый дизайн, оставаясь при этом узнаваемым. Если в целом Вам не нравятся подобные дизайны, то неудивительно, что не будут нравиться и любые его элементы, включая лого.
3) «Главная» — это пункт меню. Согласно всем правилам юзабилити меню остается единообразным, а пункт «Главная» не пропадает при переходе на главную. Выделение пункта цветом служит указателем для посетителя, в каком разделе он сейчас находится.
Ссылку тоже убирать не обязательно. Нажатие по пункту меню позволяет обновлять страницу. Это является стандартной практикой. Можно реализовывать по-разному, но в данном случае вариант стандартный. Кстати, в старом дизайне пункт «Главная» так же присутствовал.
4) Размер аватары 32х32, что больше, чем, например, у ВКонтакта (28х28). В дальнейшем, как я писал, там появится индикация новых сообщений и, очень возможно, что и отображение уровня. По мере того, как мы будем добавлять эти элементы, область может изменяться.
Kaur